2gnx Results: Difference between revisions

From MDWiki
Jump to navigationJump to search
No edit summary
No edit summary
Line 21: Line 21:
  14: 3023-A 2c5i-T  4.5  2.8  75    93  11      0      0    5 S    PROTEIN TRANSPORT/COMPLEX t-snare affecting a late gol
  14: 3023-A 2c5i-T  4.5  2.8  75    93  11      0      0    5 S    PROTEIN TRANSPORT/COMPLEX t-snare affecting a late gol
  15: 3023-A 3nul    4.4  3.4  93  130    5      0      0    11 S    ACTIN-BINDING PROTEIN profilin i (arabidopsis thalian
  15: 3023-A 3nul    4.4  3.4  93  130    5      0      0    11 S    ACTIN-BINDING PROTEIN profilin i (arabidopsis thalian
16: 3023-A 2h7o-A  4.4  3.0  81  270    5      0      0    7 S    SIGNALING PROTEIN protein kinase ypka fragment (protei
17: 3023-A 1mc0-A  4.4 13.3  144  341    9      0      0    17 S    HYDROLASE 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 2a
18: 3023-A 2ijp-A  4.3  4.2  117  217  13      0      0    12 S    SIGNALING PROTEIN 14-3-3 protein (cryptosporidium par
19: 3023-A 2h7v-C  4.3  4.2  76  269  13      0      0    5 S    SIGNALING PROTEIN migration-inducing protein 5 (ras-re
20: 3023-A 2cbi-A  4.3  4.3  123  584    7      0      0    13 S    HYDROLASE hyaluronidase fragment expression_system_ve
21: 3023-A 1hg5-A  4.3  3.2  85  263    9      0      0    6 S    ENDOCYTOSIS clathrin assembly protein short form frag
22: 3023-A 2dnx-A  4.2  4.9  80  130    6      0      0    6 S    TRANSPORT PROTEIN syntaxin-12 fragment (homo sapiens)
23: 3023-A 1a17    4.2  5.0  85  159    4      0      0    8 S    HYDROLASE serineTHREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 5 fragme
24: 3023-A 2if4-A  4.1  2.5  82  258    7      0      0    7 S    SIGNALING PROTEIN atfkbp42 fragment (twd1 (twisted dwa
25: 3023-A 1owa-A  4.0  3.3  76  156  12      0      0    6 S    CYTOKINE spectrin alpha chain, erythrocyte fragment (e
26: 3023-A 1br0-A  4.0  3.5  79  120  13      0      0    6 S    MEMBRANE PROTEIN syntaxin 1-a fragment Mutant (rattus
27: 3023-A 1xdo-A  3.9  3.5  83  686  10      0      0    8 S    TRANSFERASE polyphosphate kinase (ppk, polyphosphoric
28: 3023-A 1vls    3.9  3.6  77  146  10      0      0    7 S    CHEMOTAXIS aspartate receptor (tar) biological_unit (
29: 3023-A 1sjj-A  3.9  7.9  114  863    4      0      0    14 S    CONTRACTILE PROTEIN actinin (gallus gallus) chicken
30: 3023-A 2iak-A  3.8  2.4  68  197    6      0      0    5 S    CELL ADHESION bullous pemphigoid antigen 1, isoform 5
31: 3023-A 2dl1-A  3.8  4.1  86  116    3      0      0    7 S    PROTEIN TRANSPORT spartin fragment (trans-activated by
32: 3023-A 2h28-A  3.7  2.8  75  106    8      0      0    10 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
33: 3023-A 2cwo-A  3.7  3.3  83  165    5      0      0    10 S    RNA BINDING PROTEIN RNA silencing suppressor (p21) (b
34: 3023-A 2hj9-C  3.6  3.4  80  210    5      0      0    10 S    SIGNALING PROTEIN autoinducer 2-binding periplasmic pr
35: 3023-A 2gsc-A  3.6  3.7  74  113  12      0      0    5 S    UNKNOWN FUNCTION conserved hypothetical protein (conse
36: 3023-A 2cpt-A  3.6  4.0  78  117  12      0      0    5 S    PROTEIN TRANSPORT vacuolar sorting protein 4b fragment
37: 3023-A 1v9d-A  3.6  4.4  83  308    5      0      0    6 S    PROTEIN BINDING diaphanous protein homolog 1 fragment
38: 3023-A 2i0m-A  3.5  4.5  113  207  10      0      0    13 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION phosphate transp
39: 3023-A 2hje-A  3.5  3.2  84  210    7      0      0    11 S    SIGNALING PROTEIN autoinducer 2 sensor kinasePHOSPHATA
40: 3023-A 2dmw-A  3.5  3.3  85  131    7      0      0    11 S    MEMBRANE PROTEIN synaptobrevin-like 1 variant fragment
41: 3023-A 2bkp-A  3.5  3.3  84  193    7      0      0    8 S    HYPOTHETICAL PROTEIN hypothetical protein ph0236 (pyr
42: 3023-A 1zu2-A  3.5  5.2  73  158    5      0      0    6 S    TRANSPORT PROTEIN mitochondrial import receptor subuni
43: 3023-A 1y79-1  3.5  3.1  93  680    4      0      0    10 S    HYDROLASE peptidyl-dipeptidase dcp (dipeptidyl carboxy
44: 3023-A 2fup-A  3.4  2.9  80  126    9      0      0    7 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
45: 3023-A 2iub-A  3.3  4.7  79  331  11      0      0    5 S    MEMBRANE PROTEIN divalent cation transport-related pro
46: 3023-A 2e9x-D  3.3  2.5  66  197    3      0      0    6 S    REPLICATION DNA replication complex gins protein psf1
47: 3023-A 2bkn-A  3.3  3.3  80  190    6      0      0    5 S    MEMBRANE PROTEIN hypothetical protein ph0236 (pyrococ
48: 3023-A 2avx-A  3.3  3.7  94  171    5      0      0    10 S    TRANSCRIPTION regulatory protein sdia Mutant (escheri
49: 3023-A 1u89-A  3.3  3.1  77  139    4      0      0    6 S    STRUCTURAL PROTEIN talin 1 fragment (talin) (mus musc
50: 3023-A 1qqt-A  3.3  3.4  84  546    7      0      0    6 S    LIGASE methionyl-trna synthetase fragment (escherichi
51: 3023-A 1qqe-A  3.3  7.4  94  281    6      0      0    10 S    PROTEIN TRANSPORT vesicular transport protein sec17 Mu
52: 3023-A 2j3t-C  3.2  5.2  83  141    7      0      0    8 S    PROTEIN TRANSPORT trafficking protein particle complex
53: 3023-A 1uur-A  3.2  3.2  84  460    7      0      0    7 S    SIGNAL TRANSDUCTION stat protein fragment (dictyostel
54: 3023-A 1tkn-A  3.2  3.8  75  110  13      0      0    5 S    MEMBRANE PROTEIN amyloid beta a4 protein (homo sapien
55: 3023-A 1qja-A  3.2  3.0  75  217    5      0      0    8 S    COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION/PEPTIDE) 14-3-3 protein z
56: 3023-A 1ek8-A  3.2  5.6  78  185    9      0      0    5 S    TRANSLATION ribosome recycling factor (ribosome relea
57: 3023-A 2uv0-E  3.1  3.6  94  159    9      0      0    12 S    TRANSCRIPTION transcriptional activator protein lasr (
58: 3023-A 2nty-A  3.1  2.6  93  332    4      0      0    9 S    SIGNALING PROTEIN emb|cab41934.1 fragment (prone8) rac
59: 3023-A 2hi7-B  3.1  2.6  77  134    5      0      0    8 S    OXIDOREDUCTASE thiol:disulfide interchange protein dsb
60: 3023-A 2fez-A  3.1  3.6  104  373  10      0      0    12 S    TRANSCRIPTION probable regulatory protein embr (mycob
61: 3023-A 2a73-B  3.1  3.2  91  976  11      0      0    13 S    IMMUNE SYSTEM complement c3 fragment complement c3 fra
62: 3023-A 1uw4-B  3.1  3.3  86  247  12      0      0    12 S    NONSENSE MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN regulator of nons
63: 3023-A 1hx1-B  3.1  3.2  76  112  13      0      0    6 S    CHAPERONE/CHAPERONE INHIBITOR heat shock cognate 71 k
64: 3023-A 1fpo-A  3.1  3.4  72  171    8      0      0    4 S    CHAPERONE chaperone protein hscb (hsc20) Mutant (esc
65: 3023-A 2o8p-A  3.0  5.0  104  215  13      0      0    11 S    SIGNALING PROTEIN 14-3-3 domain containing protein (c
66: 3023-A 2d9d-A  3.0  3.8  80    89  13      0      0    8 S    CHAPERONE bag family molecular chaperone regulator 5 f
67: 3023-A 2ak6-A  3.0  5.7  93  153    8      0      0    11 S   
68: 3023-A 1ya0-A  3.0  4.3  81  458    6      0      0    8 S    SIGNALING PROTEIN smg-7 transcript variant 2 fragment
69: 3023-A 1x8z-A  3.0  3.2  75  151    9      0      0    3 S    PROTEIN BINDING invertasePECTIN METHYLESTERASE INHIBIT
70: 3023-A 1qoy-A  3.0  7.5  121  303  14      0      0    9 S    TOXIN hemolysin e (cytolysin a, silent hemolysin a, hl
71: 3023-A 1qgr-A  3.0  2.7  79  871    5      0      0    7 S    TRANSPORT RECEPTOR importin beta subunit (karyopherin
72: 3023-A 1ocr-C  3.0  3.8  94  261    7      0      0    9 S    OXIDOREDUCTASE cytochrome c oxidase (ferrocytochrome c
73: 3023-A 1fce    3.0  2.5  60  629  10      0      0    5 S    CELLULASE DEGRADATION cellulase celf fragment (clostr
74: 3023-A 2nwb-A  2.9  3.8  88  379    6      0      0    10 S    OXIDOREDUCTASE conserved domain protein (putative 2,3-
75: 3023-A 2i6h-A  2.9  3.8  92  176  10      0      0    12 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
76: 3023-A 1w5d-A  2.9  3.7  91  458    7      0      0    10 S    HYDROLASE penicillin-binding protein (bacillus subtil
77: 3023-A 1sj7-A  2.9  5.5  77  167  10      0      0    5 S    STRUCTURAL PROTEIN talin 1 fragment (mus musculus) mo
78: 3023-A 1ojg-A  2.9  3.5  83  135    8      0      0    8 S    TRANSFERASE sensor protein dcus (dcus) fragment (esch
79: 3023-A 1i1i-P  2.9  3.6  100  665    7      0      0    10 S    HYDROLASE neurolysin (rattus norvegicus) rat express
80: 3023-A 1dov-A  2.9  4.9  76  181    9      0      0    6 S    CELL ADHESION alpha-catenin fragment (mus musculus) m
81: 3023-A 2grg-A  2.8  3.2  68    98  10      0      0    8 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
82: 3023-A 2bvl-A  2.8  3.6  90  543  14      0      0    9 S    TOXIN toxin b fragment Mutant (clostridium difficile)
83: 3023-A 1z0p-A  2.8  1.6  51    73    4      0      0    2 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
84: 3023-A 1u6g-C  2.8  5.3  79  1146    6      0      0    9 S    LIGASE cullin homolog 1 (cul-1) ring-box protein 1 (rb
85: 3023-A 1oj5-A  2.8  2.8  68  105    3      0      0    7 S    TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR steroid receptor coactivat
86: 3023-A 1ecr-A  2.8  2.8  65  305    6      0      0    7 S    COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN/DNA) replication terminat
87: 3023-A 1e25-A  2.8  4.6  92  278    7      0      0    9 S    HYDROLASE extended-spectrum beta-lactamase per-1 Muta
88: 3023-A 1di1-A  2.8  4.4  72  290    4      0      0    5 S    LYASE aristolochene synthase (sesquiterpene cyclase,
89: 3023-A 2p0n-A  2.7  3.1  80  157  10      0      0    7 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
90: 3023-A 2iiu-A  2.7  3.8  77  203    8      0      0    7 S    STRUCTURAL GENOMICS/UNKNOWN FUNCTION hypothetical prot
91: 3023-A 2gom-A  2.7  2.4  54    61    6      0      0    5 S    CELL ADHESION/TOXIN fibrinogen-binding protein fragmen
92: 3023-A 1z1w-A  2.7  4.3  98  780    5      0      0    12 S    HYDROLASE tricorn protease interacting factor f3 (the
93: 3023-A 1h3n-A  2.7  3.6  76  813  14      0      0    6 S    AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE leucyl-trna synthetase (the
94: 3023-A 1bk5-A  2.7  3.0  71  422    7      0      0    8 S    PROTEIN TRANSPORT karyopherin alpha fragment (importin
95: 3023-A 1aqt    2.7  1.7  47  135    0      0      0    2 S    HYDROLASE atp synthase fragment Mutant (escherichia c
96: 3023-A 2nw9-A  2.6  6.4  102  265    9      0      0    11 S    OXIDOREDUCTASE tryptophan 2,3-dioxygenase (xanthomona
97: 3023-A 2iml-A  2.6  2.5  59  188    8      0      0    4 S    FLAVOPROTEIN hypothetical protein (archaeoglobus fulg
98: 3023-A 2e9x-A  2.6  1.3  53  144    6      0      0    2 S    REPLICATION DNA replication complex gins protein psf1
99: 3023-A 2d4x-A  2.6  4.3  94  214  12      0      0    10 S    STRUCTURAL PROTEIN flagellar hook-associated protein 3


A Dali analysis carried out separately with only the N-terminus (Table 2) of our protein also did not produce any significant structural matches
A Dali analysis carried out separately with only the N-terminus (Table 2) of our protein also did not produce any significant structural matches.


===Table 2: Dali analysis of N-terminal domain===
===Table 2: Dali analysis of N-terminal domain===
Line 125: Line 41:
   14: 3256-A 1owa-A  6.2  3.3  76  156  12      0      0    6 S    CYTOKINE spectrin alpha chain, erythrocyte fragment (e
   14: 3256-A 1owa-A  6.2  3.3  76  156  12      0      0    6 S    CYTOKINE spectrin alpha chain, erythrocyte fragment (e
   15: 3256-A 2oew-A  6.1  2.8  119  358    8      0      0    12 S    PROTEIN TRANSPORT programmed cell death 6-interacting  
   15: 3256-A 2oew-A  6.1  2.8  119  358    8      0      0    12 S    PROTEIN TRANSPORT programmed cell death 6-interacting  
  16: 3256-A 1xdo-A  6.1  3.5  83  686  10      0      0    8 S    TRANSFERASE polyphosphate kinase (ppk, polyphosphoric
 
  17: 3256-A 1vls    6.1  3.6  77  146  10      0      0    7 S    CHEMOTAXIS aspartate receptor (tar) biological_unit (
However, a Dali analysis with the C-terminus of the protein showed us that
  18: 3256-A 1br0-A  6.1  3.5  79  120  13      0      0    6 S    MEMBRANE PROTEIN syntaxin 1-a fragment Mutant (rattus
  19: 3256-A 2oev-A  6.0 29.3  112  697    6      0      0    10 S    PROTEIN TRANSPORT programmed cell death 6-interacting
  20: 3256-A 2cwy-A  6.0  2.4  82    92  20      0      0    7 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
  21: 3256-A 1sjj-A  6.0  4.6  88  863    5      0      0    9 S    CONTRACTILE PROTEIN actinin (gallus gallus) chicken
  22: 3256-A 2iak-A  5.9  2.4  68  197    6      0      0    5 S    CELL ADHESION bullous pemphigoid antigen 1, isoform 5
  23: 3256-A 2dl1-A  5.9  4.1  86  116    3      0      0    7 S    PROTEIN TRANSPORT spartin fragment (trans-activated by
  24: 3256-A 2cwo-A  5.8  3.3  83  165    5      0      0    10 S    RNA BINDING PROTEIN RNA silencing suppressor (p21) (b
  25: 3256-A 2cbi-A  5.7  4.3  123  584    7      0      0    13 S    HYDROLASE hyaluronidase fragment expression_system_ve
  26: 3256-A 2gsc-A  5.6  3.7  74  113  12      0      0    5 S    UNKNOWN FUNCTION conserved hypothetical protein (conse
  27: 3256-A 2cpt-A  5.6  4.0  78  117  12      0      0    5 S    PROTEIN TRANSPORT vacuolar sorting protein 4b fragment
  28: 3256-A 1v9d-A  5.6  4.4  83  308    5      0      0    6 S    PROTEIN BINDING diaphanous protein homolog 1 fragment
  29: 3256-A 1zu2-A  5.5  5.2  73  158    5      0      0    6 S    TRANSPORT PROTEIN mitochondrial import receptor subuni
  30: 3256-A 2ijp-A  5.4  4.1  113  217  12      0      0    11 S    SIGNALING PROTEIN 14-3-3 protein (cryptosporidium par
  31: 3256-A 2fup-A  5.4  2.9  80  126    9      0      0    7 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
  32: 3256-A 1y79-1  5.4  3.0  91  680    4      0      0    9 S    HYDROLASE peptidyl-dipeptidase dcp (dipeptidyl carboxy
  33: 3256-A 2iub-A  5.3  4.7  79  331  11      0      0    5 S    MEMBRANE PROTEIN divalent cation transport-related pro
  34: 3256-A 2e9x-D  5.3  2.5  66  197    3      0      0    6 S    REPLICATION DNA replication complex gins protein psf1
  35: 3256-A 1qqe-A  5.3  3.1  77  281    8      0      0    7 S    PROTEIN TRANSPORT vesicular transport protein sec17 Mu
  36: 3256-A 1u89-A  5.2  3.1  77  139    4      0      0    6 S    STRUCTURAL PROTEIN talin 1 fragment (talin) (mus musc
  37: 3256-A 1tkn-A  5.1  3.8  75  110  13      0      0    5 S    MEMBRANE PROTEIN amyloid beta a4 protein (homo sapien
  38: 3256-A 1ek8-A  5.1  5.6  78  185    9      0      0    5 S    TRANSLATION ribosome recycling factor (ribosome relea
  39: 3256-A 2a73-B  5.0  3.2  91  976  11      0      0    13 S    IMMUNE SYSTEM complement c3 fragment complement c3 fra
  40: 3256-A 1uur-A  5.0  3.1  82  460    7      0      0    6 S    SIGNAL TRANSDUCTION stat protein fragment (dictyostel
  41: 3256-A 1qja-A  5.0  3.0  75  217    5      0      0    8 S    COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION/PEPTIDE) 14-3-3 protein z
  42: 3256-A 1hx1-B  5.0  3.2  76  112  13      0      0    6 S    CHAPERONE/CHAPERONE INHIBITOR heat shock cognate 71 k
  43: 3256-A 1fpo-A  5.0  3.4  72  171    8      0      0    4 S    CHAPERONE chaperone protein hscb (hsc20) Mutant (esc
  44: 3256-A 2bkp-A  4.9  2.8  76  193    7      0      0    6 S    HYPOTHETICAL PROTEIN hypothetical protein ph0236 (pyr
  45: 3256-A 1x8z-A  4.9  3.2  75  151    9      0      0    3 S    PROTEIN BINDING invertasePECTIN METHYLESTERASE INHIBIT
  46: 3256-A 2bkn-A  4.8  3.0  74  190    7      0      0    4 S    MEMBRANE PROTEIN hypothetical protein ph0236 (pyrococ
  47: 3256-A 2ak6-A  4.8  3.7  71  153    7      0      0    7 S   
  48: 3256-A 1ya0-A  4.8  4.3  81  458    6      0      0    8 S    SIGNALING PROTEIN smg-7 transcript variant 2 fragment
  49: 3256-A 1uw4-B  4.8  3.2  84  247  11      0      0    11 S    NONSENSE MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN regulator of nons
  50: 3256-A 1qgr-A  4.8  2.7  79  871    5      0      0    7 S    TRANSPORT RECEPTOR importin beta subunit (karyopherin
  51: 3256-A 1fce    4.8  2.5  60  629  10      0      0    5 S    CELLULASE DEGRADATION cellulase celf fragment (clostr
  52: 3256-A 1i1i-P  4.7  3.2  95  665    7      0      0    9 S    HYDROLASE neurolysin (rattus norvegicus) rat express
  53: 3256-A 1dov-A  4.7  4.9  76  181    9      0      0    6 S    CELL ADHESION alpha-catenin fragment (mus musculus) m
  54: 3256-A 1z0p-A  4.6  1.6  51    73    4      0      0    2 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
  55: 3256-A 1sj7-A  4.6  5.5  77  167  10      0      0    5 S    STRUCTURAL PROTEIN talin 1 fragment (mus musculus) mo
  56: 3256-A 1ecr-A  4.6  2.8  65  305    6      0      0    7 S    COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN/DNA) replication terminat
  57: 3256-A 2bvl-A  4.5  3.6  90  543  14      0      0    9 S    TOXIN toxin b fragment Mutant (clostridium difficile)
  58: 3256-A 1u6g-C  4.5  4.4  75  1146    7      0      0    9 S    LIGASE cullin homolog 1 (cul-1) ring-box protein 1 (rb
  59: 3256-A 1di1-A  4.5  4.4  72  290    4      0      0    5 S    LYASE aristolochene synthase (sesquiterpene cyclase,
  60: 3256-A 1aqt    4.5  1.7  47  135    0      0      0    2 S    HYDROLASE atp synthase fragment Mutant (escherichia c
  61: 3256-A 2gom-A  4.4  2.4  54    61    6      0      0    5 S    CELL ADHESION/TOXIN fibrinogen-binding protein fragmen
  62: 3256-A 2fez-A  4.4  3.2  88  373  11      0      0    9 S    TRANSCRIPTION probable regulatory protein embr (mycob
  63: 3256-A 2d9d-A  4.4  3.7  75    89  13      0      0    7 S    CHAPERONE bag family molecular chaperone regulator 5 f
  64: 3256-A 1z1w-A  4.4  2.9  70  780    6      0      0    8 S    HYDROLASE tricorn protease interacting factor f3 (the
  65: 3256-A 1qoy-A  4.4  5.6  93  303  15      0      0    7 S    TOXIN hemolysin e (cytolysin a, silent hemolysin a, hl
  66: 3256-A 1ocr-C 4.4  2.9  73  261    7      0      0    4 S    OXIDOREDUCTASE cytochrome c oxidase (ferrocytochrome c
  67: 3256-A 1h3n-A  4.4  3.6  76  813  14      0      0    6 S    AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE leucyl-trna synthetase (the
  68: 3256-A 1bk5-A  4.4  3.0  71  422    7      0      0    8 S    PROTEIN TRANSPORT karyopherin alpha fragment (importin
  69: 3256-A 2c0s-A  4.3  2.0  51    64    6      0      0    2 S    TRANSFERASE conserved domain protein fragment (bacill
  70: 3256-A 2aaw-A  4.3  2.9  71  205  11      0      0    6 S    TRANSFERASE glutathione s-transferase (plasmodium fal
  71: 3256-A 1wp1-A  4.3  1.8  51  456  16      0      0    2 S    MEMBRANE PROTEIN outer membrane protein oprm (drug-dis
  72: 3256-A 1oxj-A  4.3  3.4  70  170  11      0      0    8 S    RNA BINDING PROTEIN RNA-binding protein smaug fragment
  73: 3256-A 1k8t-A  4.3  5.3  77  498  12      0      0    6 S    TOXIN,LYASE calmodulin-sensitive adenylate cyclase (
  74: 3256-A 1h2s-B  4.3  3.7  51    60    6      0      0    1 S    MENBRANE PROTEIN COMPLEX sensory rhodopsin ii fragment
  75: 3256-A 1fiy    4.3  2.9  63  873    8      0      0    6 S    COMPLEX (LYASE/INHIBITOR) phosphoenolpyruvate carboxyl
  76: 3256-A 1a32    4.3  2.1  54    85  11      0      0    3 S    RIBOSOMAL PROTEIN ribosomal protein s15 (bacillus ste
  77: 3256-A 2iml-A  4.2  2.5  59  188    8      0      0    4 S    FLAVOPROTEIN hypothetical protein (archaeoglobus fulg
  78: 3256-A 2e9x-A  4.2  1.3  53  144    6      0      0    2 S    REPLICATION DNA replication complex gins protein psf1
  79: 3256-A 2avk-A  4.2  3.6  71  133    3      0      0    4 S    OXYGEN STORAGE/TRANSPORT hemerythrin-like domain prote
  80: 3256-A 1sz9-A  4.2  2.6  74  143    9      0      0    7 S    TRANSCRIPTION pcf11 protein fragment (saccharomyces c
  81: 3256-A 1fp3-A  4.2  6.0  107  402    5      0      0    14 S    ISOMERASE n-acyl-d-glucosamine 2-epimerase (sus scro
  82: 3256-A 2iiu-A  4.1  3.8  75  203    8      0      0    6 S    STRUCTURAL GENOMICS/UNKNOWN FUNCTION hypothetical prot
  83: 3256-A 2i6h-A  4.1  3.8  92  176  10      0      0    12 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
  84: 3256-A 2fuq-A  4.1  2.4  61  746  15      0      0    6 S    SUGAR BINDING PROTEIN heparinase ii protein (pedobact
  85: 3256-A 1y64-B  4.1  3.6  81  411    9      0      0    7 S    STRUCTURAL PROTEIN actin, alpha skeletal muscle (alpha
  86: 3256-A 1rkc-A  4.1  5.2  76  258  11      0      0    7 S    CELL ADHESION, STRUCTURAL PROTEIN vinculin fragment ta
  87: 3256-A 1qqt-A  4.1  3.2  72  546    6      0      0    5 S    LIGASE methionyl-trna synthetase fragment (escherichi
  88: 3256-A 1nkd    4.1  2.0  51    59    2      0      0    2 S    TRANSCRIPTION REGULATION rop (cole1 repressor of prime
  89: 3256-A 1ee4-A  4.1  3.0  71  423    7      0      0    8 S    TRANSPORT PROTEIN karyopherin alpha fragment (serine-r
  90: 3256-A 1a0f-A  4.1  2.4  63  201    5      0      0    5 S    TRANSFERASE glutathione s-transferase fragment (gst, g
  91: 3256-A 2o8p-A  4.0  5.0  104  215  13      0      0    11 S    SIGNALING PROTEIN 14-3-3 domain containing protein (c
  92: 3256-A 2nw9-A  4.0  5.8  98  265    9      0      0    10 S    OXIDOREDUCTASE tryptophan 2,3-dioxygenase (xanthomona
  93: 3256-A 2jbw-A  4.0  4.2  69  348    9      0      0    7 S    HYDROLASE 2,6-dihydroxy-pseudo-oxynicotine hydrolase (
  94: 3256-A 2ibd-A  4.0  6.5  89  190    7      0      0    12 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION possible transcr
  95: 3256-A 1yw0-A  4.0  4.8  84  238    8      0      0    6 S    OXIDOREDUCTASE tryptophan 2,3-dioxygenase (xanthomona
  96: 3256-A 1yoz-A  4.0  4.3  66  113    8      0      0    6 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION hypothetical pro
  97: 3256-A 1v7v-A  4.0  4.3  73  779    7      0      0    10 S    TRANSFERASE chitobiose phosphorylase (vibrio proteoly
  98: 3256-A 1tf4-A  4.0  4.3  97  605    6      0      0    12 S    GLYCOSYL HYDROLASE t. fusca endoEXO-CELLULASE E4 CATAL
  99: 3256-A 1qvr-A  4.0  1.5  49  803  12      0      0    3 S    CHAPERONE clpb protein (thermus thermophilus) bacteri

Revision as of 05:43, 11 June 2007

Structural analysis

A Dali analysis (Table 1) of our protein was highly inconclusive and there were no significant structural matches to our hypothetical protein.

Table 1: A Dali analysis of the 2GNX protein

NR. STRID1 STRID2  Z   RMSD LALI LSEQ2 %IDE REVERS PERMUT NFRAG TOPO PROTEIN
 1: 3023-A 2gnx-A 42.9  0.0  280   280  100      0      0     1 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION 	hypothetical pro
 2: 3023-A 2cmr-A  5.7  3.5  114   192   11      0      0    11 S    IMMUNOGLOBULIN COMPLEX 	d5 (fab heavy chain) d5 (fab li
 3: 3023-A 1j3w-A  5.7  3.2   99   134   12      0      0     9 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION 	giding protein-m
 4: 3023-A 1jmr-A  5.5  3.0   94   246    9      0      0    12 S    
 5: 3023-A 1f5m-B  5.5  5.0  107   177    9      0      0    13 S    SIGNALING PROTEIN 	gaf 	(saccharomyces cerevisiae) yeas
 6: 3023-A 1vcs-A  5.0  4.7   82   102    9      0      0     8 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION 	vesicle transpor
 7: 3023-A 1kt0-A  4.9  2.8   81   357    6      0      0     7 S    ISOMERASE 	51 kda fk506-binding protein (fkbp51) Mutant
 8: 3023-A 1e2a-A  4.9  4.5   80   102    9      0      0     6 S    TRANSFERASE 	enzyme iia (enzyme iii, lactose-specific i
 9: 3023-A 2d2s-A  4.8  3.1   75   217   11      0      0     5 S    ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS 	exocyst complex component exo84
10: 3023-A 2oew-A  4.7  2.8  119   358    8      0      0    12 S    PROTEIN TRANSPORT 	programmed cell death 6-interacting 
11: 3023-A 1h3q-A  4.7  4.2   92   140    4      0      0    11 S    TRANSPORT 	sedlin (sedl) 	(mus musculus) mouse 	S.B.Jan
12: 3023-A 2oev-A  4.5 36.5  151   697    7      0      0    14 S    PROTEIN TRANSPORT 	programmed cell death 6-interacting 
13: 3023-A 2cwy-A  4.5  2.4   82    92   20      0      0     7 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION 	hypothetical pro
14: 3023-A 2c5i-T  4.5  2.8   75    93   11      0      0     5 S    PROTEIN TRANSPORT/COMPLEX 	t-snare affecting a late gol
15: 3023-A 3nul    4.4  3.4   93   130    5      0      0    11 S    ACTIN-BINDING PROTEIN 	profilin i 	(arabidopsis thalian

A Dali analysis carried out separately with only the N-terminus (Table 2) of our protein also did not produce any significant structural matches.

Table 2: Dali analysis of N-terminal domain

 NR. STRID1 STRID2  Z   RMSD LALI LSEQ2 %IDE REVERS PERMUT NFRAG TOPO PROTEIN
  1: 3256-A 2gnx-A 23.2  0.0  173   280  100      0      0     1 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION 	hypothetical pro
  2: 3256-A 1e2a-A  7.5  4.5   80   102    9      0      0     6 S    TRANSFERASE 	enzyme iia (enzyme iii, lactose-specific i
  3: 3256-A 1kt0-A  7.4  2.8   81   357    6      0      0     7 S    ISOMERASE 	51 kda fk506-binding protein (fkbp51) Mutant
  4: 3256-A 2d2s-A  7.3  3.1   75   217   11      0      0     5 S    ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS 	exocyst complex component exo84
  5: 3256-A 1vcs-A  7.3  4.7   78   102    9      0      0     7 S    STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION 	vesicle transpor
  6: 3256-A 2cmr-A  6.9  3.2  104   192   11      0      0     9 S    IMMUNOGLOBULIN COMPLEX 	d5 (fab heavy chain) d5 (fab li
  7: 3256-A 2c5i-T  6.9  2.8   75    93   11      0      0     5 S    PROTEIN TRANSPORT/COMPLEX 	t-snare affecting a late gol
  8: 3256-A 2h7o-A  6.8  3.0   81   270    5      0      0     7 S    SIGNALING PROTEIN 	protein kinase ypka fragment (protei
  9: 3256-A 2h7v-C  6.6  4.2   76   269   13      0      0     5 S    SIGNALING PROTEIN 	migration-inducing protein 5 (ras-re
 10: 3256-A 2dnx-A  6.5  4.9   80   130    6      0      0     6 S    TRANSPORT PROTEIN 	syntaxin-12 fragment 	(homo sapiens)
 11: 3256-A 1hg5-A  6.5  3.2   85   263    9      0      0     6 S     ENDOCYTOSIS 	clathrin assembly protein short form frag
 12: 3256-A 1a17    6.4  2.5   71   159    3      0      0     5 S    HYDROLASE 	serineTHREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 5 fragme
 13: 3256-A 2if4-A  6.3  2.5   82   258    7      0      0     7 S    SIGNALING PROTEIN 	atfkbp42 fragment (twd1 (twisted dwa
 14: 3256-A 1owa-A  6.2  3.3   76   156   12      0      0     6 S    CYTOKINE 	spectrin alpha chain, erythrocyte fragment (e
 15: 3256-A 2oew-A  6.1  2.8  119   358    8      0      0    12 S    PROTEIN TRANSPORT 	programmed cell death 6-interacting

However, a Dali analysis with the C-terminus of the protein showed us that

Retrieved from "http://compbio.biosci.uq.edu.au/mediawiki/index.php?title=2gnx_Results&oldid=4695"